A través de un estudio, publicado en PLoS One, un equipo de especialistas del Consejo Superior de Investigaciones Científicas de España (CSIC) demostró que la PCR (amplificación por reacción en cadena de polimerasa), el método más empleado para la detección de bacterias, discrimina las menos abundantes. Según sus autores, el trabajo confirma que no es posible determinar la estructura de la enorme diversidad microbiana con los métodos actuales.
La PCR se emplea como técnica molecular para amplificar o generar múltiples copias de los genes de un microorganismo específico. En la Argentina, este método, tuvo un papel importante en el diagnóstico de la gripe A H1N1 y del dengue durante las epidemias de 2009.
“Hemos comprobado que la detección de bacterias es dependiente de la fracción que representan respecto al total de la comunidad microbiana”, señaló Juan Miguel González, investigador del CSIC en el Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología, ubicado en Sevilla.
Los científicos, en colaboración con un equipo del Centro Superior de Investigación en Salud Pública de Valencia, emplearon para los experimentos sondas fluorescentes específicas y dos cebadores (una cadena de ácido nucleico como punto de partida para la replicación de ADN). Tras amplificar cada tipo de bacteria simultáneamente en la misma reacción, observaron que la eficiencia de amplificación para aquellas en abundancia era elevada, mientras que para las que representaban una fracción reducida era muy baja.
“La diversidad microbiana, que es la base que sustenta la búsqueda de nuevos biocatalizadores y recursos para la explotación biotecnológica, es probablemente muy superior a lo que somos capaces de detectar actualmente. Conocer el riesgo de los sesgos introducidos en la detección y cuantificación de secuencias amplificadas es algo importante mientras se continúe utilizando la amplificación por PCR o hasta que pasemos a una tercera generación de métodos de secuenciación”, señala González.
Fuente: Plos ONE; CSIC
